Năm 1866, một nhóm 35 nghệ sĩ đã thành lập Học viện Thiết kế Chicago trong một xưởng trên phố Dearborn, với mục đích điều hành một trường học miễn phí với phòng trưng bày nghệ thuật của riêng họ. Tổ chức được mô phỏng theo các học viện nghệ thuật châu Âu, chẳng hạn như Học viện Hoàng gia, với các Viện sĩ và Phó Viện sĩ. Điều lệ của Học viện được ban hành vào tháng 3 năm 1867.

Các lớp học bắt đầu vào năm 1868, họp hàng ngày với chi phí $10 mỗi tháng. Thành công của Học viện đã cho phép nó xây dựng một ngôi nhà mới cho trường học, một tòa nhà bằng đá năm tầng trên 66 Phố West Adams, mở cửa vào ngày 22 tháng 11 năm 1870.

Khi Đại hỏa hoạn Chicago phá hủy tòa nhà vào năm 1871, Học viện rơi vào cảnh nợ nần. Đến năm 1878, Học viện nợ 10.000 đô la. Các thành viên đã cố gắng giải cứu bằng cách thực hiện các giao dịch với các doanh nhân địa phương, trước khi từ bỏ nó vào năm 1879 để thành lập một tổ chức mới, đặt tên là Học viện Mỹ thuật Chicago. Khi Học viện Thiết kế Chicago phá sản cùng năm, Học viện Mỹ thuật Chicago mới đã mua lại tài sản của họ trong cuộc đấu giá.

Năm 1882, Học viện Mỹ thuật Chicago đổi tên thành Học viện Nghệ thuật Chicago hiện tại, nhà từ thiện và chủ ngân hàng Charles L. Hutchinson được bầu làm chủ tịch đầu tiên, "được cho là cá nhân quan trọng nhất đã định hình hướng đi và vận may của Viện Nghệ thuật Chicago".[7]:5 Hutchinson từng là giám đốc của nhiều tổ chức nổi tiếng ở Chicago, bao gồm Đại học Chicago,[8] và sẽ biến Viện Nghệ thuật thành một bảo tàng đẳng cấp thế giới trong nhiệm kỳ tổng thống của ông, mà ông vẫn giữ cho đến khi qua đời vào năm 1924.[9] Cũng trong năm 1882, tổ chức này đã mua một lô đất ở góc tây nam của đại lộ Michigan và phố Van Buren với giá 45.000 đô la. Tòa nhà thương mại hiện có trên tài sản đó được sử dụng làm trụ sở của tổ chức và một công trình bổ sung mới đã được xây dựng phía sau để cung cấp không gian trưng bày và chứa các cơ sở vật chất của trường.[7]:19 Đến tháng 1 năm 1885, những người được ủy thác cảm thấy phải mở rộng không gian cho bộ sưu tập ngày càng tăng của tổ chức, và cuối cùng đã mua khu đất trống ngay phía nam Đại lộ Michigan. Tòa nhà thương mại bị phá bỏ,[10] và kiến trúc sư nổi tiếng John Wellborn Root đã được Hutchinson thuê để thiết kế một tòa nhà sẽ tạo ra "sự hiện diện ấn tượng" trên Đại lộ Michigan,[7]:22–23 và những cơ sở này bắt đầu tạo nên sự phô trương lớn vào năm 1887.[7]:24

Bảo tàng có lẽ đã nhận được món quà nghệ thuật lớn nhất trong lịch sử vào năm 2015.[11] Các nhà sưu tập Stefan Edlis và Gael Neeson đã tặng một "bộ sưu tập [đó] nằm trong số những nhóm nghệ thuật Pop thời hậu chiến vĩ đại nhất thế giới từng được tập hợp".[12] Khoản quyên góp bao gồm các tác phẩm của Andy Warhol, Jasper Johns, Cy Twombly, Jeff Koons, Charles Ray, Richard Prince, Cindy Sherman, Roy Lichtenstein và Gerhard Richter. Bảo tàng đã đồng ý giữ các tác phẩm được tặng để trưng bày trong ít nhất 50 năm.[12] Tháng 6 năm 2018, bảo tàng đã nhận được khoản quyên góp 50 triệu đô la, khoản quyên góp bằng tiền lớn nhất được công bố trong lịch sử của bảo tàng.[13]